Trên những con phố cổ của Kyoto, giữa cơn mưa rả rích và ánh đèn lờ mờ phản chiếu trên nền đá ẩm ướt, Conan (Shinichi Kudo) cùng Ran Mori và thám tử Kogoro Mori được mời đến ngôi đền Shinkyo cổ kính để điều tra vụ mất tích của chiếc mặt nạ “Kaminari” – một hiện vật quý giá của truyền thống Nhật Bản. Khi bước vào hành lang rộng lớn của đền, họ ngay lập tức nhận thấy những dấu hiệu bất thường: vết chân mờ nhạt trên sàn đá lạnh, một mảnh vải áo họa tiết truyền thống rơi rớt dưới chiếc đèn lồng treo cao, và dấu mực in tinh xảo trên bảng tên của bảo tàng nhỏ trong đền.

Ônishi Hiroshi – người trông coi đền – run rẩy nói: “Chiếc mặt nạ đã biến mất vào đêm qua khi cơn mưa bão kéo đến, và tôi lo rằng kẻ trộm đã lợi dụng thời gian này để hành động.” Conan, với ánh mắt sắc bén và trí tuệ vượt trội, đã nhanh chóng ghép nối các manh mối; anh phát hiện ra rằng những dấu vết này không chỉ đơn thuần là dấu hiệu của một vụ trộm thông thường mà còn cho thấy kẻ gian đã chuẩn bị tinh vi từ trước. Ran Mori, luôn nhạy bén với cảm xúc con người, nhận xét rằng khu vực lưu giữ những kỷ vật quý hiếm của đền chính là nơi kẻ trộm có thể ẩn mình, và cô cho rằng có điều gì đó không ổn khi Ônishi Hiroshi liên tục lo lắng một cách quá mức.

Sau khi thẩm tra từng góc khuất của ngôi đền và phỏng vấn các nhân chứng, Conan đã khám phá ra mối liên hệ đáng ngờ giữa Ônishi Hiroshi và Satoshi Takeda – người quản lý bảo tàng đền. Và vì vậy, không những các vết chân và mảnh vải đã giúp Conan nhận ra sơ hở trong hệ thống an ninh, mà chính những chi tiết đó còn chỉ ra rằng Satoshi Takeda đã lợi dụng cơn mưa để trộm cắp chiếc mặt nạ “Kaminari” với mục đích bán cho giới sưu tập ngầm nước ngoài, và che giấu tội ác của mình dưới lớp vỏ bọc của lòng trung thành với di sản văn hóa.

Cuối cùng, trong phòng chính của đền, trước sự chứng kiến của toàn bộ nhân chứng, Conan đã khéo léo trình bày toàn bộ bằng chứng và cách thức hành động của kẻ trộm, khiến Satoshi Takeda không còn cách biện minh cho hành động của mình. Khi Satoshi bị bắt về để làm rõ thêm vụ việc, bầu không khí lạnh lẽo của đền dần thay đổi, ánh bình minh ló dạng qua những ô cửa sổ gỗ cổ, báo hiệu rằng công lý đã được thiết lập. Nhờ vào trí tuệ và lòng dũng cảm của Conan, ngôi đền Shinkyo đã bảo vệ được di sản quý báu của dân tộc Nhật, đồng thời gửi gắm thông điệp rằng, dù có bị che lấp bởi bão giông, sự thật và công lý cuối cùng vẫn sẽ lộ diện.