- Hệ quả về chính trị:

+ Sự thống nhất của đất nước bị xâm phạm. Từ năm 1672, sông Gianh trở thành ranh giới chia cắt Đại Việt thành hai đàng: Đàng Ngoài (từ Sông Gianh trở ra bắc) do con cháu họ Trịnh thay nhau cai quản; Đàng Trong (từ sông Gianh trở vào nam) do con cháu họ Nguyễn truyền nối nhau cầm quyền.

+ Hình thành cục diện “một cung vua - hai phủ chúa” (cả hai chính quyền Trịnh, Nguyễn đều dùng niên hiệu vua Lê, đều thừa nhận quốc hiệu Đại Việt).

- Hệ quả về kinh tế - xã hội:

+ Trong thời gian diễn ra chiến sự, hoạt động kinh tế của đất nước bị tàn phá.

+ Đời sống nhân dân khốn khổ (đặc biệt ở vùng xảy ra chiến sự).

- Hệ quả về lãnh thổ, lãnh hải:

+ Lãnh thổ Đàng Trong dần được được mở rộng về phía Nam

+ Chính quyền chúa Nguyễn triển khai nhiều hoạt động thực thi chủ quyền tại quần đảo Hoàng Sa và quần đảo Trường Sa.